Po pokonaniu Bowsera i uratowaniu Brooklynu Mario staje przed nowym zagrożeniem: złowrogim sojuszem Wario i Bowsera Jr. Teraz, wraz z przyjaciółmi i Yoshim u boku, musi powstrzymać ich plany podboju świata.
Po przetrwaniu śmiertelnie niebezpiecznej gry Grace i jej siostra Faith muszą wyprzedzić cztery rywalizujące ze sobą rodziny walczące o tron rady kontrolującej świat.
